一応の規模をもつ大学教育システムは、数年にわたる改革によって、いっそう充実することになった。708校の大学が1993年に実施し始めた世界一流の大学100校を作り上げるプロジェクトの中で302校の総合大学に合併された。1999年9月に中央工芸美術学院が清華大学に合併され、2000年4月、100年以上の歴史をもつ北京大学が中国の医科大学ナンバー・ワンの北京医科大学と合併した。現在、全国には大学が合計1911校ある。国はまた若干の大学が世界の有名な大学に仲間入りすることをサポートする専門基金を設け、これまで30余校の大学がサポートを受けた。

大学の学生募集数が数年間連続して拡大された。一般大学の学生募集数は1998年に108万人、1999年から2002年までは160万人から320万人に増えたが、2003年には前年比15万人増の335万人になる計画で、大学と科学研究機構は大学院生を前年比33％増の21万7000人募集する計画である。

また、大学と科学研究機構は実力を大いに高めたため、科学技術によるイノベーションと基礎研究分野の重要な力となっている。また、大学は産・学・研の協力を強化し、科学技術成果を生産力に転換するテンポを速め、ハイテク企業と重要な技術製品が次々と現れ、22の国家クラス大学科学技術パークがハイテク成果転換の重要な基地となっている。