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ミサイル防衛システムの構想に基づき、日本は二段階のミサイル迎撃システムの構築を予定している。第一段階では、戦略警戒システムがミサイルの飛来を発見後、海上自衛隊のイージス艦に対して「SM-3」による迎撃を命令し、空中での破壊を行う。この第一段階の迎撃が失敗した場合は第二段階に入り、地対空誘導弾「PAC3」を使用し、飛行最終段階に入ったミサイルを迎撃する。同システムはどの段階に対しても重要な役割を果たすため、日本は同システムの建設を重視している。

日本のレーダー警戒システムは主に、航空自衛隊の28基のレーダーサイト、12基の移動式レーダー、および海上自衛隊のイージス艦搭載レーダーによって構築されている。航空自衛隊の28基のレーダーサイトは、主にFPS-3を使用している。同レーダーは世界先進水準のフェーズドアレイレーダーで、遠距離・高空の目標物および近距離・低空の目標物に対して高い探知・追跡能力を持ち、ステルス機等の飛行物を効果的に発見できる。