釣魚島沖での漁船衝突事件は政治面では緩和に向かっているが、日本の企業界では経済への余波に対する懸念が高まっている。日本『産経新聞』は、釣魚島での危機が、中国と経済関係が密接な企業に懸念と不安をもたらしたことを報じた。日本の世論では、中日間の政治関係の悪化はすでに日本経済に深刻な悪影響をもたらしたと見られている。これについて中国人専門家は、「現状を見ると、日本が中国人船長を釈放したことは事態が良い方向に向かっていることを示しており、今回の事件が双方の経済に与える影響はそれほど大きくない。しかし、日本は政治面の衝突による双方の経済への害を改めて認識する必要がある」との見方を示した。
日本の一部のアナリストは、今回の事件による中日経済への影響で日本は改めて考え直すことになると見ている。日本政府に中国側の要求への迅速かつ適切な対応を促す一部の経済学者は、今後の日中関係において、中国は日本の安定かつ信頼できるパートナーになるべきとの考えを示している。中日間の貿易規模がますます拡大する中、このような揉め事は、日本の対外経済関係の発展と国内経済の改造計画に不利となる。
『西日本新聞』は評論の中で、現在多くの日本企業や従業員が中国に長期駐在しており、今回の事件は彼らに不安を与え、ビジネスにおいても中国側関係者から不満や不信頼を受けていると記す。日本の『週刊経済』が企業に行った調査によると、7割の企業代表者が危機の早期解消を望んでおり、中日間の経済貿易関係が今回の事件で影響を受けることを望まないと回答した。