日本は食糧輸入大国で、毎年大量の遺伝子組み換え食品を輸入している。しかし、日本の消費者は遺伝子組み換え食品に対して不安を抱いているため、日本政府は遺伝子組み換え食品に対して厳しい安全検査を行っており、規則に基づいた表示を行っている。
早稲田大学の瀬川至朗教授は、日本は国内での遺伝子組み換え作物の商業栽培を認可していないが、食品安全委員会の検査を経て輸入される遺伝子組み換え食品は市場には多く出回っていると指摘する。ジャガイモ8種類、大豆12種類、トウモロコシ181種類などがそうだ。かつて「朝日新聞」は、日本が輸入する約3000万トンの穀物のうち、約1700万トンが遺伝子組み換え食品だと推測したこともある。
日本では、遺伝子組み換え食品に表示義務が課せられているが、これには落とし穴がある。たとえば遺伝子組換え作物が5%以下の混入の場合や加工品原料中上位3位以下の場合は表示の必要はない。さらに、食用油や醤油などは、組み換えられたDNAを検出できないという理由で、表示の義務はない。
つまり、「遺伝子組み換え食品」という表示がなくとも、日本の食卓には多くの遺伝子組み換え作物が並んでいるということであり、消費者が遺伝子組み換えでないと思っている食品でも、100%そうであるという保証はないのだ。瀬川教授は、日本人は日ごろから遺伝子組み換え食品を摂取している可能性は大いにあると指摘する。