日本国内ではTPPに対して意見が分かれる。TPP支持派の自動車や家電などを代表とする工業団体とTPP反対派の農業団体との意見の食い違いが中心だ。コメを例に取ると、日本が現在かけている輸入関税は778%にも達する。今年2月に安倍晋三首相が米国を訪問した際には、「農産品の重要品目の関税を維持することを前提に」、TPP交渉に参加するとの意思を確認した。規制緩和や構造改革は安倍政権がうち出す経済政策「アベノミクス」の重要な内容だが、日本国内の既得権益構造は非常に堅固で、これをうち破ることは難しい。そこでTPP参加は日本国内の経済改革の需要な推進手段とみなされている。農業団体は安倍首相のお膝元の自由民主党の重要な支援者であり、自民党内部ではTPP反対派の力が非常に強い。
日本のTPP参加の主な目的は、アジア・太平洋地域の経済の「快速列車」に乗ることで苦境から脱出すること、ゲームのルール制定をよりどころとして地域内での影響力を高めることにある。TPP交渉に参加する米国もオーストラリアも、日本にとって重要な貿易パートナーであり、ベトナム、シンガポール、マレーシア、ブルネイなどの東南アジア諸国は日本のこれからの重点投資先だ。日本紙「日本経済新聞」の太田泰彦編集委員によると、米国はTPP交渉を通じてアジア各国の関税や法制度に対する影響力を高め、輸出を拡大したい考えだ。日本もTPPをよりどころにして輸出と投資を拡大することができるという。
交渉会合では25日、日本のために特別に設定された会議「ジャパン・セッション」が行われ、日本は重要5品目を関税ゼロの原則から除外するよう求めるとともに、日本の自動車やその他の製品に対する輸入関税の撤廃を求めるとみられる。