判決で、ICJのペテル・トムカ裁判所長は、日本が年間ミンククジラ850頭、ナガスクジラ50頭、ザトウクジラ50頭を捕獲していることに関して、「調査の目的を達成するための妥当な量とは言えない」と指摘したほか、「日本は殺さずに調査する可能性を十分に検討していない」と日本の姿勢を批判した。
さらに、「日本は2005年から研究プログラムという名目で、約3600頭のミンククジラを補殺してきたが科学的研究の結果は限定的。データに基づく研究論文はわずか2件で、それも捕殺したクジラ9頭から得たデータ。捕鯨頭数と釣り合わない」と指摘した。
日本が提出している証拠だけでは、捕鯨を「科学的研究目的」と証明するには不十分なのだ。そのため、ICJは、日本の南極海での調査捕鯨を「科学的でない」と結論づけ、調査捕鯨の中止を命じた。ICJは一審制での控訴を認めていない。