だが3カ国交渉は非経済分野で多くの困難にも直面している。中日関係、韓日関係は最近良くなく、歴史問題や領土紛争などデリケートな問題がひっきりなしに起きている。これは東アジア自由貿易圏の構築にとって試練だ。
対外経済貿易大学の趙忠秀副学長は「交渉自体の経済的問題を見ると、3カ国は7年の長きにおよび各国政府の下でフィージビリティスタディを行い、すでに様々な可能性について検討し、技術的問題をほぼ予測し終えている。互いに熟知した古くからの友人でもあり、鍵となるのは、いかにして各自の国内政治勢力のバランスを取り、各自の駆引きのバランスを取るかという問題だ」と指摘した。